Peugeot Boxer II е представен за първи път през 2006 г. През същата година масовото производство започва в Италия и Мексико. Новият микробус Peugeot придоби още по-модерна форма, благодарение на която беше възможно да се намали коефициентът на влачене на въздуха с още няколко процента (Cx = 0,31). Peugeot Boxer II трябваше да комбинира полезния товар и универсалността на микробуса с комфорта на лек автомобил. По този начин обхвата на наличните версии на купето бе разширен и някои удобства бяха въведени в кабината на водача.
Второто поколение на Peugeot Boxer донесе промени в стила. Капакът е ясно отделен от бронята, което създава отличителен праг. Собствениците и ентусиастите на този модел уместно забелязаха, че микробусът създава впечатление за огъване на мускулите. В основата на бронята имаше пластмасова решетка. Boxer II имат странични огледала с вградена индикационна светлина. Производителят ги предлага и във версии със сензор за външна температура в едно от огледалата. На задната част на автомобила имаше нови, по-модерни задни светлини. Товарната версия имаше още повече товарно пространство и предлагаше 6 варианта от 8 до 17 м3, а товароносимостта (4 версии) варира от 1 до 2 тона. Сред версиите за пътници, освен комбито за 8 пътници, се предлагаше и микробус с 15 пътници.
Френският производител на автомобили се отказа от напълно бензинови двигатели. Проведените анализи показаха, че бензиновите агрегати в камионите за доставка са няколко пъти по-малко популярни от дизеловите двигатели. Следователно европейската версия на автомобила до ден днешен се предлага за продажба само с двигатели с масло. Във второто поколение Boxer имаше два вида ръчни скоростни кутии - 5-степенна и 6-степенна, които предаваха мощност направо към предната ос.
Вътре в Peugeot Boxer II имаше няколко модификации, които биха го направили максимално подобен на лек автомобил. Разбира се, производителят не забрави да добави няколко джоба и отделения за съхранение, което засили космическия потенциал на микробуса. Новата версия е проектирана по такъв начин, че да позволява инсталирането на допълнително оборудване - автоматична климатизация, аудио система с комплект за свободни ръце или GPS сателитна навигация. С течение на годините и развитието на технологиите, последващи решения, използвани в леките автомобили, постепенно се прилагат в микробусите.
През 2014 г., 8 години след премиерата, дойде време за фейслифт на Peugeot Boxer II. За някои хора промените са били толкова големи, че наричат тази версия третото поколение на микробуса. Това обаче не е професионално именуване, тъй като производителят ясно посочи, че става въпрос само за фейслифт. Основната промяна беше прекрояването на предната част, която се вписваше в преобладаващия стил на моделите на френската марка. Именно дизайнът трябваше да убеди хората, които се интересуват от закупуването на микробус. Допълнителни промени се отнасят до опциите за конфигуриране. Задната част на автомобила е спусната със 7 сантиметра благодарение на използването на пневматично окачване. Най-големият от предлаганите модели е с общо тегло 4 тона, докато версията за превоз на хора предлага 8 места. Под капака отново имаше 2 дизелови агрегата със същите мощности до момента. Този път обаче по-малкият двигател се предлагаше в три варианта на мощност - 110, 130 или 150 к.с. По-големият агрегат генерира 180 к.с. Обновената версия представя нови фарове с LED дневни светлини. За да се осигури оптимален комфорт за шофьорите и пътниците, седалките са заменени с напълно ново поколение. Функционалните промени включват също контейнер за чаши, интегриран с конзолата и държач за мобилни устройства и преносими компютри.
